当社創建は、養老年中(717～723)、上苗木住人荒田栄久の勧請と云う、美濃国苗木城主　遠山家の尊崇厚く、天文10年(1541年) 遠山左近公卿再建・慶長19年(1614年)遠山久兵衛友政公卿再建以来、代々遠山家により再建修復されしこと棟札に存す。徳川時代祇園牛頭天王社と称え、明治初年神仏分離令 により、榊山神社と改称、郷社に加列せらる。本殿は明治13年改築。昭和11年拝殿外建物再建、今日に至る。叩き祭りの古儀、今も伝承する。社宝、三条住吉則作太刀あり。

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